实验室实行理事会领导下的主任负责制。主任对实验室的发展和管理全面负责。实验室聘请国内外顶级战略咨询专家组成战略咨询委员会，聘请国内外知名专家与实验室部分学术带头人组成学术委员会，为理事会决策提供咨询建议。实验室下设科研部门、管理部门和支撑部门。